Fermentasi biji kakao dimulai dengan pembelahan biji kakao yang sudah masak dan isinya dikumpulkan dalam bak kayu. Kemudian dilakukan fermentasi yang berjalan selama 5 hari untuk jenis Forastero dan 3 hari untuk jenis kakao Edel. Proses fermentasi dimulai dengan menutupi biji kakao selama 2 hari pertama supaya terjadi reaksi anearobik di mana pada akhirnya terjadi asam asetat. Selanjutnya asam asetat akan masuk ke dalam biji kakao dan terjadi reaksi aerobik sampai selesai fermentasi.
Selama proses fermentasi, senyawa-senyawa di dalam biji mengalami banyak perubahan. Selain itu, warna biji mentah yang berwarna ungu akan berubah menjadi cokelat. Rasa biji mentah berubah menjadi agak asam berkontribusi menjadi rasa cokelat yang baik ketika proses angrai. Ini yang disebut pembentukan senyawa aroma precursor, yaitu senyawa gula dan protein dalam biji berubah menjadi karbohidrat dan asam amino.
Dalam fermentasi pula senyawa polifenol yang pada mulanya adalah senyawa kompak berwarna ungu akan pecah menjadi senyawa-senyawa flavonoid dan procyanidin yang jumlah kira-kira 60% dalam polifenol kakao. Selain itu, ada pula senyawa fenol lainnya yang penting yaitu antosianin yang penting dalam memberikan rasa biji menjadi pahit dan mempunyai peranan sebagai antioksidan. Pada fermentasi maka senyawa-senyawa tersebut akan berkurang jumlahnya dan begitu pula saat proses sangrai.
Lebih lengkapnya silahkan baca di FOODREVIEW INDONESIA edisi "Food Safety By Design", November 2017